Untuk menghadapi dan memperingatkan penduduk Ninawa (di Irak), yang keras kepala, menyembah berhala, dan selalu melakukan kejahatan, Yunus diangkat Allah SWT menjadi nabi ketika berusia 33 tahun. Tetapi penduduk Ninawa tidak mau bertobat.
Kisah kenabian dan kerasulan Nabi Yunus AS terdapat dalam beberapa surah Al-Qur‘an seperti dalam ayat berikut. “Sesungguhnya Kami telah memberikan wahyu kepadamu sebagaimana Kami telah memberikan wahyu kepada Nuh dan nabi-nabi yang kemudiannya, dan Kami telah memberikan wahyu (pula) kepada Ibrahim, Isma’il, Ishak, Ya’qub dan anak cucunya, Isa, Ayyub, Yunus, Harun dan Sulaiman. Dan Kami berikan Zabur kepada Daud” (QS.4:163).
“Dan Ismail, Ilyasa, Yunus dan Luth. Masing-masingnya Kami lebihkan derajatnya di atas umat (di masanya), (dan Kami lebihkan pula derajat) sebagian dari bapak-bapak mereka, keturunan mereka dan saudara-saudara mereka. Dan Kami telah memilih mereka (untuk menjadi nabi-nabi dan rasul-rasul) dan Kami menunjuki mereka ke jalan yang lurus” (QS.6:86–87)
Nabi Yunus AS berdakwah kepada penduduk Ninawa yang berjumlah lebih dari seratus ribu orang. Allah SWT memerintahkan Yunus untuk berdakwah kepada kaumnya selama 40 hari. Jika selama waktu itu kaumnya tidak mau menerima dakwahnya, Allah SWT akan menurunkan azab atas mereka.
Suatu ketika Nabi Yunus AS merasa sangat kesal terhadap kaum itu. Ia sendiri bukanlah berasal dari kaum mereka. Yunus kemudian meninggalkan mereka dan pergi ke suatu tempat sebelum diperintahkan Allah SWT. Sepeninggal Nabi Yunus AS, turunlah azab Allah SWT atas penduduk Ninawa berupa cuaca panas dan kekeringan. Ketika mereka bertobat dan mengakui keesaan Tuhan, Allah SWT mencabut kembali azab-Nya.
Setelah meninggalkan penduduk Ninawa, Nabi Yunus AS tiba di suatu tempat di pinggir laut. Di sana ia menjumpai sejumlah orang yang sedang bergegas naik ke perahu. Ia meminta izin untuk diperbolehkan ikut. Di tengah laut, tiba-tiba datang angin kencang. Nakhoda perahu meminta salah seorang untuk meninggalkan perahu agar seluruh isi perahu lainnya dapat diselamatkan.
Setelah undian dilakukan, nama Nabi Yunus AS muncul tiga kali berturut-turut, sehingga Nabi Yunus AS pasrah. Ia menganggap bahwa itu adalah kehendak Allah SWT. Begitu melompat ke dalam laut, tiba-tiba seekor paus besar menelannya. Dalam perut paus, Nabi Yunus AS merenung dan menyadari kesalahannya karena meninggalkan penduduk Ninawa tanpa meminta petunjuk Allah SWT terlebih dahulu.
Allah SWT mendengar penyesalannya. Kemudian Nabi Yunus AS dilemparkan keluar dari perut paus ke pantai. Sesampainya di pantai, Nabi Yunus AS merasa lemah dan sakit. Namun Allah SWT dengan rahmat-Nya menumbuhkan pohon labu untuk menaungi tubuhnya yang lemah dengan daunnya dan menyembuhkan penyakitnya dengan memakan buahnya.
Setelah sembuh dan segar kembali, ia mendapat wahyu Allah SWT agar kembali ke Ninawa untuk membina kaum yang sudah sadar itu. Nabi Yunus AS amat bersyukur kepada Allah SWT yang telah membukakan hati penduduk Ninawa. Mereka telah beriman kepada Allah SWT. Kisah Nabi Yunus ini diceritakan dalam Al-Qur’an surah al-Anbiya’ (21) ayat 87–88,
Dan (ingatlah kisah) Dzun Nun (Yunus), ketika ia pergi dalam keadaan marah, lalu ia menyangka bahwa Kami tidak akan mempersempitnya (menyulitkannya), maka ia menyeru dalam keadaan yang sangat gelap): “Bahwa tidak ada Tuhan (yang berhak disembah) selain Engkau. Maha Suci Engkau, sesungguhnya aku adalah termasuk orang-orang yang zalim. Maka Kami telah memperkenankan do’anya dan menyelamatkannya dari pada kedukaan. Dan demikianlah Kami selamatkan orang-orang yang beriman.”
Kisah Nabi Yunus AS itu memberikan hikmah tentang pentingnya kesabaran dalam menjalankan setiap tugas. Untuk mengenangnya, di Bukit an-Naubah, Mosul, Irak, terdapat sebuah masjid yang bernama Masjid Nabi Yunus. Di dalamnya terdapat makam Nabi Yunus AS.
Dalam Al-Qur’an kisah Nabi Yunus AS juga terdapat dalam beberapa surah, seperti surah Yunus (10) ayat 98–103, surah as-saffat (37) ayat 139–148, dan surah al-Qalam (68) ayat 48–50.