Samarkand adalah kota kedua terbesar serta ibukota pertama Republik Uzbekistan, dan kota tua di samping Bukhara di Transoksania (Ar.: Ma Wara’ an-Nahr = di seberang sungai, yaitu Amudarya dan Syrdarya di Asia Tengah). Samarkand adalah pusat dagang, pendidikan, dan peradaban Islam pada Abad Pertengahan; ibukota propinsi pada masa Abbasiyah; dan ibukota Dinasti Ikhan atau Timur Lenk pada abad ke-14 dan ke-15.
Nama tua Samarkand adalah Maracanda. Menurut legenda Arab, nama Samarkand berasal dari nama Syammar, raja Kerajaan Himyar (di Yaman) yang pernah menaklukkan Samarkand. Para pelancong dan imperium Cina menyebutnya Samokian.
Samarkand terletak di lembah selatan Sungai Soghd (Wadi as-Soghd, terkenal dengan nama Zarafshan). Kota ini terdiri dari tiga bagian: benteng yang terletak di bagian selatan kota pada suatu kawasan yang tinggi, tempat kantor pemerintahan (Dar al-Imarah); daerah perkotaan; dan daerah pinggir kota.
Di dalamnya terdapat taman yang indah. Kota Samarkand dikelilingi parit dan mempunyai empat pintu gerbang: Bab as-Sin di timur, sebagai kenangan akan hubungan lama antara kota Samarkand dan Cina dalam perdagangan kulit; Bab Bukhara di utara, pintu yang menghadap ke kota Bukhara; Bab an-Naubahar di barat; dan Bab al-Kabir di selatan.
Samarkand merupakan salah satu kota tertua di dunia. Pada tahun 329 SM kota itu ditaklukkan oleh Iskandar Agung dan menyebutnya Maracanda, dan kemudian oleh Kerajaan Himyar (115 SM–33 M). Pada saat itu Samarkand merupakan kota besar yang terletak di “jalur sutra” yang menghubungkan Cina dengan Barat. Dengan demikian, kota ini menjadi tempat pertemuan kebudayaan Barat, Cina, dan Arab.
Samarkand jatuh ke tangan umat Islam pada abad ke-8, setelah Khalifah Abdul Malik dari Dinasti Umayah (memerintah 685–705) menempatkan Qutaibah bin Muslim sebagai gubernur di Khurasan (kini Iran timur) pada tahun 704. Samarkand ketika itu diperintah Tarkhun yang telah lepas dari Cina sejak 682.
Tarkhun dan Qutaibah membuat perjanjian damai, tetapi pengganti Tarkhun, Ichshid Ghurah, dipaksa menyerah oleh Qutaibah. Gubernur Khurasan itu lalu menempatkan pasukannya di kota itu.
Sejak itu Islam diterima oleh penduduknya, demikian juga oleh penduduk kota Bukhara, yang kemudian menjadi pusat islamisasi serta pusat perdagangan penting di Asia Tengah. Pada tahun 751 di kota Samarkand dibangun pabrik kertas yang pertama di luar Cina.
Khalifah al-Ma’mun dari Dinasti Abbasiyah memberikan jabatan gubernur kepada para putra Asad bin Saman untuk memerintah Transoksania dari Samarkand pada tahun 819. Kemudian keluarga ini membentuk Kerajaan Samaniyah pada tahun 900.
Kota yang makmur dan pusat peradaban Islam di Asia Tengah ini ditaklukkan oleh Jengiz Khan (Mughal) pada tahun 1220. Pada abad ke-14 dan ke-15 Samarkand menjadi ibukota Dinasti Ikhan atau Kerajaan Timur Lenk.
Setelah kerajaan ini berkuasa selama seabad, mencapai puncak kemajuannya, lalu runtuh pada abad ke-15, Samarkand kemudian dikuasai oleh bangsa Uzbek pada tahun 1500 di bawah pimpinan Ozbeg Khan Shaibani dan menjadi bagian dari Keemiran Bukhara hingga 1920. Kemudian Samarkand ditaklukkan Rusia dan menjadi bagian dari Uni Soviet hingga 1991.
Sebagai bekas pusat peradaban Islam, baik pada masa khalifah Abbasiyah maupun pada masa Dinasti Ikhan dan Keemiran Bukhara, Samarkand memiliki banyak peninggalan sejarah Islam, antara lain monumen, makam Timur Lenk, Masjid Raja Bibikhan, dan makam Qasim bin Abbas, salah seorang yang berjasa mengislamkan penduduk kota itu.
Selain itu, Samarkand juga banyak melahirkan ulama terkenal, antara lain Abu Mansur Muhammad al-Maturidi dan Abdul Ma’ali al-Juwaini.